Hernández nació en Isnotú, estado Trujillo, el 26 de octubre de 1864 y murió en Caracas el 29 de junio de 1919. Sus padres fueron Benigna Hernández Manzaneda y José A. Cisneros M.
Estudió bachillerato en Caracas e ingresó en la Universidad Central en 1884, donde obtuvo el título de Médico en 1888.
Cuando se disponía a ejercer su profesión en Caracas, Hernández, gracias a una beca otorgada por el Gobierno de ese entonces, viajó a Europa para estudiar en París algunas materias de las que aquí aún no se tenía gran conocimiento. Fue así como José Gregorio Hernández se preparó con profundidad en las áreas de Microbiología, Histología Normal, Patología, Bacteriología y Fisiología Experimental. También aprovechó el viaje y llevó a Caracas equipos para los laboratorios del Hospital Vargas.
A su regreso a Venezuela, en 1891, todos sus conocimientos adquiridos los vertió con alma de apóstol en sus alumnos de la Universidad Central de Venezuela. Dictó las cátedras de Histología Normal y Patología, Fisiología Experimental y Bacteriología. Su cátedra más importante fue la de Bacteriología. Además, fue nombrado director del Laboratorio Nacional, haciendo de éste «una copia exacta del de la Escuela de Medicina de la Universidad de París».
Se dedicó a la docencia, el ejercicio profesional y a la práctica religiosa. Por esta razón, fue profesor desde 1891 hasta 1916.
Entre las publicaciones científicas se encuentran “Elementos de Bacteriología” (1906), “Sobre la Angina de Pecho de Naturaleza Palúdica”, y en 1912 publicó “Elementos de Filosofía”.
En dos oportunidades quiso hacerse sacerdote, pero su condición física resultó su mayor impedimento.
El educador ejemplar murió arrollado por un automóvil el 29 de junio de 1919, en La Pastora, una calle caraqueña. Los venezolanos católicos lo veneran por sus virtudes como médico y por su vocación religiosa.
Tras su muerte, numerosos milagros y curaciones han sido atribuidos por los creyentes en José Gregorio Hernández. Por esta razón, el Arzobispo de Caracas, Lucas Guillermo de Castillo, inició el proceso de beatificación y canonización ante el Vaticano. Como parte de este proceso, el Papa Juan Pablo II le dio el título de Venerable el 16 de enero de 1986. De completarse el proceso, Hernández se convertiría en el primer santo de procedencia venezolana.